從1999年開始，林樹奎從一個基層技術人員做起，踏上工程建設的征程，從橋梁到隧道、從高架到鐵路，從平地到高山，從國內到海外，這一路他用責任擔當書寫著獻身祖國建設的篇章。
大橋所在的噶杜海峽，當地人稱“惡魔之海”，這里常年無風涌浪三四米，翻天巨浪讓大型起重船搖晃強烈，難以作業，給大橋臨時棧橋搭設，鋼管樁和鋼護筒吊裝、施沉，以及鋼吊箱下放、承臺墩身施工等帶來巨大挑戰。
在馬累和機場島靠岸的浪濺區，涌浪約十秒鐘一個巡回，將海浪高高拋起，最大浪高達4米。只需一個浪，工人就會渾身濕透。在建設初期，如何打通施工生命線，讓茫茫的印度洋上擁有大橋建設的立足之地是擺在林樹奎面前的迫切問題。
涌浪力量太大，儀器測出一平方米的涌浪力量在十幾噸，擋浪不現實。“利用好每股浪潮中間幾秒，就是啃也要啃出一條路來。”在多種方法嘗試無果后，林樹奎咬著牙說道。
于是，幾十個工人兩班倒，每班又分三個梯隊，一個梯隊一個小時一個循環，焊的時候棧橋上一人負責瞭望提醒，涌浪一來所有人立即起身并將焊鉗高高舉起，浪一過大家又彎腰在焊點上觸兩下，如此循環往復。100余米浪濺區棧橋硬是這樣在兩個多月里給“啃”了出來。
林樹奎則長期現場蹲點，帶班作業。一天晚上，一個大浪打來，他渾身濕透，工長勸他換衣，但他仍和大伙繼續堅守，直到施沉穩定后才放心回去。
“跑”出浪濺區，并不意味萬事大吉。海浪在非浪濺區也能將幾千噸浮吊拋出海面兩三米高。其14秒的長周期波更是世界罕見，要想壓制住長達250米的波長讓船體平穩，相當于需要一艘中型航母進駐現場。而如此大型的浮吊船舶世界少有，即使是開進現場，受海峽寬度和機場航空限高限制也難以施展拳腳。受長周期波影響，浮吊前后搖擺，加之5至9月雨季，可施工天數少之又少，單根重達數百噸的鋼管樁如何按設計施沉到位？
項目駐地面朝大海是標準的海景房，而林樹奎面對窗外海景，卻情緒復雜：“如果回國換房子，我決不會買到有水的旁邊”。
現場白天車來車往，晚上亦燈火輝煌。林樹奎的辦公室常常是最后一個熄燈，每每此時，往往是一群人走出。如何尋找到最佳的可施工作業“窗口期”，如何充分地利用資源科學籌劃施工，與時間賽跑，往往都在這不眠的燈下形成了一系列解決舉措。
林樹奎變壓力為動力，帶領技術人員深入攻關，運用現代化科技手段在強涌浪海況下尋找可施工時機。一方面在3艘大型浮吊船上安裝船舶姿態儀，在海底投放了波浪監測儀，另一方面聯合中國國家海洋預報中心，推演了施工海域過去10年的可作業“窗口期”數據，并對大橋未來一段時間的海況進行預報分析。技術人員晝夜堅守、時刻關注著來自海底涌流的大量數據，通過科學計算、甄別分析和規律總結，實現了“窗口期”準確預測。
在2016年中的200余天里，林樹奎引領著團隊，見縫插針一般搶抓不到200個小時的“窗口期”，完成了72根大直徑鋼管樁、5個大型起始平臺、35根大直徑樁基鋼護筒、5個鉆孔平臺和主橋棧橋共計3萬余噸臨時、永久結構物的吊裝、施沉、焊接作業，為后續樁基、承臺等施工打下堅實基礎。
這是世界首座遠洋深海無遮掩環境下及珊瑚礁地質條件下建設的跨海大橋。珊瑚礁灰巖多孔洞、易碎、承載力不均等復雜特性給樁基鋼護筒施沉、鉆孔作業帶來很大挑戰。由于巖層軟硬不均，主橋樁基鋼護筒施沉過程中突然自行下沉達10米，引橋棧橋搭設中遇到的堅硬層讓鋼管樁多次“折戟沉沙”。
林樹奎和技術團隊全面展開試樁試驗，探索地質特性，連續6個晝夜堅守在試驗現場，分析、總結、改進每個巖層的施工工藝，終于找尋到了那串開啟這一世界性難題的數字密碼。在2017年10月18日，全橋129根樁基順利完成，且樁檢結果全部為一類樁，讓大橋在珊瑚礁地質上徹底站穩腳跟。
除了各種技術挑戰，這里還有著登革熱疫情、H1N1等疾病威脅。就在2016年主橋鋼護筒施沉陷入困境時，熱帶疫情登革熱突然爆發。當時全場600多人，累計確診登革熱的多達90例，其中住院治療7例，出血4例，輸血治療1例，獻血人數10人，累計獻血4500毫升。林樹奎也因為過度勞累，患上了登革。患病期間，他也沒讓自己休息片刻，被醫生強制收治兩天后，又拖著疲憊的身軀堅守一線。
在林樹奎和團隊的共同努力下，中馬友誼大橋迎來一次次重大施工節點勝利。項目在當地的美譽度也不斷提升，他本人還被馬爾代夫政府評為“優秀領銜管理者”榮譽。2018年8月30日大橋建成，當大家問他有什么感受時，他說：“大橋的建設過程非常不容易，我們也開創了遠洋深海無遮掩環境下珊瑚礁地質大型橋梁建設的先河，成為了第一個吃螃蟹的人。如果沒有國家這個平臺，我們也不可能這樣挑戰自己，獲得這么大的成就感，或者叫人生價值吧。”